unbbayes.prs.bn
Class SingleEntityNetwork

java.lang.Object
  unbbayes.prs.Network
      unbbayes.prs.bn.SingleEntityNetwork

All Implemented Interfaces:

Serializable, Graph

Direct Known Subclasses:

ProbabilisticNetwork

public class SingleEntityNetwork
extends Network
implements Serializable

Class that represents a generic network.

Version:

2006/09/11

Author:

Rommel Carvalho, Michael Onishi

See Also:

Serialized Form

Field Summary

protected List<Edge>	arcosMarkov Lista de edgeList utilizada no processo de transformaÔøΩÔøΩo.
protected List<Edge>	copiaArcos
protected ArrayList<Node>	copiaNos CÔøΩpia dos nÔøΩs sem os nÔøΩs de utilidade.
protected boolean	createLog Indica se o log deve ser criado ou nÔøΩo.
protected ArrayList<Node>	decisionNodes NÔøΩs de decisÔøΩo utilizado no processo de transformaÔøΩÔøΩo.
protected boolean	firstInitialization
protected HierarchicTree	hierarchicTree
protected JunctionTree	junctionTree Armazena handle do objeto ÔøΩrvore de JunÔøΩÔøΩo associado ao Grafo.
protected NetworkCompilationLogManager	logManager Faz o processamento do log de compilaÔøΩÔøΩo.
protected ArrayList<Node>	oe Ordem de eliminaÔøΩÔøΩo dos nÔøΩs.
protected double	radius
protected static ResourceBundle	resource Load resource file from this package

Fields inherited from class unbbayes.prs.Network

edgeList, id, name, nodeIndexes, nodeList, nodeNameChangedListener

Constructor Summary

SingleEntityNetwork(String name)
ConstrÔøΩi um novo grafo sem nÔøΩs nem edgeList.

Method Summary

protected void	arvoreForte() Faz o processo de constituiÔøΩÔøΩo da ÔøΩrvore de junÔøΩÔøΩo - Frank Jensen
protected void	associateCliques() Faz a associaÔøΩÔøΩo dos NÔøΩs a um ÔøΩnico clique com menos espaÔøΩo de est.
protected void	clearAdjacents() DestrÔøΩi a lista de adjacentes de cada nÔøΩ do grafo.
protected void	cliques() Faz o processo de identificaÔøΩÔøΩo dos Cliques
protected void	compileJT(JunctionTree jt) Monta ÔøΩrvore de junÔøΩÔøΩo a partir do grafo.
protected void	copyMarginal()
protected int	getCliqueIndex(ArrayList<Node> listaNos, ArrayList<Node> alpha) SUB-FUNÔøΩÔøΩO do mÔøΩtodo arvoreForte
ArrayList<Node>	getDescriptionNodes()
ArrayList<Node>	getExplanationNodes()
HierarchicTree	getHierarchicTree()
String	getLog()
ArrayList<Node>	getNodesCopy() Return a copy of the nodes (without utility nodes).
double	getRadius()
void	initialize() Inicia as crenÔøΩas da ÔøΩrvore de junÔøΩÔøΩo.
boolean	isBN() Returns true if this network has only discrete probabilistic nodes, i.e.
boolean	isCreateLog() Gets the createLog.
boolean	isHybridBN() Returns true if this network is hybrid, in other words, if it has at least one continuous node.
boolean	isID() Returns true if this network is a Influence Diagram
protected void	makeAdjacents()
protected void	makeAdjacentsListForNodeListElements() Build the adjacent list of each node in nodeList (then adjacent list contains all nodes that is or father or child of the origin node)_.
protected void	makeLog()
protected boolean	minimumWeightElimination(ArrayList<Node> auxNos) Sub-rotina do mÔøΩtodo triangula.
protected void	moralize() Faz o processo de moralizaÔøΩÔøΩo da rede.
float	PET() Retorna a probabilidade estimada total da ÔøΩrvore de junÔøΩÔøΩo associada.
void	resetEvidences()
void	resetNodesCopy() Reset the copy of the nodes.
protected void	restoreMarginais()
void	setCreateLog(boolean createLog) Sets the createLog.
void	setFirstInitialization(boolean firstInitialization) Sets the firstInitialization.
void	setHierarchicTree(HierarchicTree hierarchicTree)
void	setRadius(double radius)
protected void	sortCliqueNodes() Ordena os nÔøΩs dos cliques e dos separadores de acordo com a ordem de eliminaÔøΩÔøΩo.
protected void	sortDecisions() SUB-FUNÔøΩÔøΩO do mÔøΩtodo verificaConsistÔøΩncia que verifica se existe uma ordenaÔøΩÔøΩo total das decisÔøΩes.
void	updateEvidences() Chama o mÔøΩtodo da ÔøΩrvore de junÔøΩÔøΩo para atualizar evidÔøΩncias.
protected void	updateMarginais()
void	verifyConectivity() Verifica a conectividade da rede.
protected void	verifyConsistency() Verifica integridade como grafo direcionado acÔøΩclico / conexo e coesÔøΩo.
void	verifyCycles() Verify if this network has cycle.
protected void	verifyPotentialTables() SUB-FUNÔøΩÔøΩO do mÔøΩtodo verificaConsistÔøΩncia que verifica a consistencia das tabelas de potenciais dos nÔøΩs do grafo.
protected void	verifyUtility() SUB-FUNÔøΩÔøΩO do mÔøΩtodo verificaConsistÔøΩncia que verifica se todos os nÔøΩs de utilidade nÔøΩo contÔøΩm filhos.

Methods inherited from class unbbayes.prs.Network

addEdge, addNode, clearEdges, clearNodes, getEdge, getEdges, getId, getName, getNode, getNodeAt, getNodeCount, getNodeIndex, getNodeIndexes, getNodes, hasEdge, hasEdge, removeEdge, removeNode, setName, setNodeIndexes, toString

Methods inherited from class java.lang.Object

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

Field Detail

resource

protected static ResourceBundle resource

Load resource file from this package

hierarchicTree

protected HierarchicTree hierarchicTree

firstInitialization

protected boolean firstInitialization

decisionNodes

protected ArrayList<Node> decisionNodes

NÔøΩs de decisÔøΩo utilizado no processo de transformaÔøΩÔøΩo.

radius

protected double radius

logManager

protected NetworkCompilationLogManager logManager

Faz o processamento do log de compilaÔøΩÔøΩo.

arcosMarkov

protected List<Edge> arcosMarkov

Lista de edgeList utilizada no processo de transformaÔøΩÔøΩo.

createLog

protected boolean createLog

Indica se o log deve ser criado ou nÔøΩo.

oe

protected ArrayList<Node> oe

Ordem de eliminaÔøΩÔøΩo dos nÔøΩs.

copiaNos

protected ArrayList<Node> copiaNos

CÔøΩpia dos nÔøΩs sem os nÔøΩs de utilidade. Utilizado no processo de transformaÔøΩÔøΩo.

copiaArcos

protected List<Edge> copiaArcos

junctionTree

protected JunctionTree junctionTree

Armazena handle do objeto ÔøΩrvore de JunÔøΩÔøΩo associado ao Grafo.

Constructor Detail

SingleEntityNetwork

public SingleEntityNetwork(String name)

ConstrÔøΩi um novo grafo sem nÔøΩs nem edgeList.

Method Detail

getDescriptionNodes

public ArrayList<Node> getDescriptionNodes()

getExplanationNodes

public ArrayList<Node> getExplanationNodes()

makeAdjacentsListForNodeListElements

protected void makeAdjacentsListForNodeListElements()

Build the adjacent list of each node in nodeList (then adjacent list contains all nodes that is or father or child of the origin node)_.

makeAdjacents

protected void makeAdjacents()

clearAdjacents

protected void clearAdjacents()

DestrÔøΩi a lista de adjacentes de cada nÔøΩ do grafo.

verifyCycles

public final void verifyCycles()
                        throws Exception

Verify if this network has cycle.

Throws:

Exception - If this network has a cycle.

verifyConectivity

public final void verifyConectivity()
                             throws Exception

Verifica a conectividade da rede.

Throws:

Exception - se a rede for disconexa.

moralize

protected void moralize()

Faz o processo de moralizaÔøΩÔøΩo da rede.

setCreateLog

public void setCreateLog(boolean createLog)

Sets the createLog.

Parameters:

createLog - The createLog to set

compileJT

protected void compileJT(JunctionTree jt)
                  throws Exception

Monta ÔøΩrvore de junÔøΩÔøΩo a partir do grafo.

Throws:

Exception

resetEvidences

public void resetEvidences()

isID

public boolean isID()

Returns true if this network is a Influence Diagram

Returns:

Returns true if this network is a Influence Diagram, false otherwise.

isHybridBN

public boolean isHybridBN()

Returns true if this network is hybrid, in other words, if it has at least one continuous node.

Returns:

Returns true if this network is hybrid (continuous and discrete nodes).

isBN

public boolean isBN()

Returns true if this network has only discrete probabilistic nodes, i.e. simple BN.

Returns:

Returns true if this network has only discrete probabilistic nodes, i.e. simple BN.

updateMarginais

protected void updateMarginais()

cliques

protected void cliques()

Faz o processo de identificaÔøΩÔøΩo dos Cliques

sortCliqueNodes

protected void sortCliqueNodes()

Ordena os nÔøΩs dos cliques e dos separadores de acordo com a ordem de eliminaÔøΩÔøΩo.

makeLog

protected void makeLog()

associateCliques

protected void associateCliques()

Faz a associaÔøΩÔøΩo dos NÔøΩs a um ÔøΩnico clique com menos espaÔøΩo de est. que contenha sua famÔøΩlia

arvoreForte

protected void arvoreForte()

Faz o processo de constituiÔøΩÔøΩo da ÔøΩrvore de junÔøΩÔøΩo - Frank Jensen

getCliqueIndex

protected int getCliqueIndex(ArrayList<Node> listaNos,
                             ArrayList<Node> alpha)

SUB-FUNÔøΩÔøΩO do mÔøΩtodo arvoreForte

minimumWeightElimination

protected boolean minimumWeightElimination(ArrayList<Node> auxNos)

Sub-rotina do mÔøΩtodo triangula. Elimina os nÔøΩs do grafo utilizando a heurÔøΩstica do peso mÔøΩnimo. Primeiramente elimina os nÔøΩs cujos adjacentes estÔøΩo ligados dois a dois. Depois se ainda houver nÔøΩs no grafo, elimina-os aplicando a heurÔøΩstica do peso mÔøΩnimo.

Parameters:

auxNos - Vetor de nÔøΩs.

verifyConsistency

protected void verifyConsistency()
                          throws Exception

Verifica integridade como grafo direcionado acÔøΩclico / conexo e coesÔøΩo. Com a saÔøΩda ÔøΩ possÔøΩvel saber quais erros especificamente ocorreram caso algum ocorra.

Throws:

Exception

getHierarchicTree

public HierarchicTree getHierarchicTree()

setHierarchicTree

public void setHierarchicTree(HierarchicTree hierarchicTree)

setRadius

public void setRadius(double radius)

getRadius

public double getRadius()

verifyPotentialTables

protected void verifyPotentialTables()
                              throws Exception

SUB-FUNÔøΩÔøΩO do mÔøΩtodo verificaConsistÔøΩncia que verifica a consistencia das tabelas de potenciais dos nÔøΩs do grafo.

Throws:

Exception

verifyUtility

protected void verifyUtility()
                      throws Exception

SUB-FUNÔøΩÔøΩO do mÔøΩtodo verificaConsistÔøΩncia que verifica se todos os nÔøΩs de utilidade nÔøΩo contÔøΩm filhos.

Throws:

Exception

sortDecisions

protected void sortDecisions()
                      throws Exception

SUB-FUNÔøΩÔøΩO do mÔøΩtodo verificaConsistÔøΩncia que verifica se existe uma ordenaÔøΩÔøΩo total das decisÔøΩes. Isto ÔøΩ, se existe um caminho orientado entre as decisÔøΩes.

Throws:

Exception

getNodesCopy

public ArrayList<Node> getNodesCopy()

Return a copy of the nodes (without utility nodes).

Returns:

A copy of the nodes (without utility nodes).

resetNodesCopy

public void resetNodesCopy()

Reset the copy of the nodes. It is usually due to changes in the network.

getLog

public String getLog()

isCreateLog

public boolean isCreateLog()

Gets the createLog.

Returns:

Returns a boolean

updateEvidences

public void updateEvidences()
                     throws Exception

Chama o mÔøΩtodo da ÔøΩrvore de junÔøΩÔøΩo para atualizar evidÔøΩncias.

Throws:

Exception

initialize

public void initialize()
                throws Exception

Inicia as crenÔøΩas da ÔøΩrvore de junÔøΩÔøΩo.

Throws:

Exception

copyMarginal

protected void copyMarginal()

restoreMarginais

protected void restoreMarginais()

setFirstInitialization

public void setFirstInitialization(boolean firstInitialization)

Sets the firstInitialization.

Parameters:

firstInitialization - The firstInitialization to set

PET

public float PET()

Retorna a probabilidade estimada total da ÔøΩrvore de junÔøΩÔøΩo associada.

Returns:

probabilidade estimada total da ÔøΩrvore de junÔøΩÔøΩo associada.